Paljusid Eesti saari on kasutatud aegade jooksul militaarseks otstarbeks, mis on muutnud nii saarte pinnamoodi kui taimkatet. Ka Pakri saari on kasutatud mitme sajandi vältel sõjaliste ehitiste rajamiseks ja õppepolügoonina.
Pakri poolsaar ja Pakri saared omandasid sõjalise tähtsuse sajandeid tagasi, mida tingis geograafiline asend ning soodsad looduslikud tingimused laevastiku peatuskohana. 18. sajandi algus seostub suurte ehitusplaanidega Väike-Pakril, mil Peeter I alustas Pakri lahte sõjasadama rajamist. Kavas oli ehitada Pakri poolsaare ja Väike-Pakri vahele tamm, mis pidi eraldama Pakri lahte kui sadama akvatooriumi merest. Ehitustöid alustati nii Pakri poolsaarelt kui ka Väike-Pakri idakaldalt. Tamm ei saanud kunagi valmis. Tammi valmisehitatud osad on aga tänapäevaks suuresti hävinud. Sellest ajast pärineb ka paemurd Väike-Pakri kirdeosas, kust murti paasi ehitustöödeks.
I maailmasõja päevil alustati Pakri poolsaarele ja saartele Paldiski reidi kaitsmise eesmärgil patareide rajamist. Nimetatud rajatised olid seotud Peterburi merekaitse peapositsiooni – Peeter Suure merekindluse rajamisega. Patareid valmisid Pakri neemel ja Väike-Pakril. Teadaolevalt sõjalisi ehitisi aga ei kasutatud ja saared ei omandanud ka erilist sõjalist tähtsust kuni II maailmasõjani. Enne sõda Eesti Vabariigi päevil oli Pakri saartel küll 300 ha maad Eesti kaitseväe käes, mida kasutati lasketiiruna.
Eesti Vabariigile Nõukogude Liidu poolt peale surutud lepingu alusel läksid Pakri saared Nõukogude Liidu relvajõudude valdusesse ja seal alustati kaitseobjektide ehitustöödega.
Pärast II maailmasõda kasutati saari intensiivselt militaarsetel eesmärkidel. 1940. aastate lõpuni oli saartel 500–700 sõjaväelast, kes esialgu elasid rannarootslaste poolt mahajäetud taludes. 1952. aastal rajati Suur-Pakri keskossa sõjaväelinnak, 1960. aastatel lisandus veel üks Väike-Pakri põhjaossa. Viimasest on säilinud varemed. 1950. aastatel rajati saartele laskepolügoon. Esialgu harjutati suurtükkidest laskmist, hiljem lennukitelt, mida juhiti objektini Pakri poolsaarelt. Väike-Pakril paiknev sõjaväeosa pidi hoolitsema märklaudade paigaldamise ja lasketäpsuse hindamise eest. Esialgu kasutati polügoonina Suur-Pakri põhjaosa, Väike-Pakri saart hakati pommitama 1960. aastate alguses. Seoses Nõukogude Liidu sõjaväelaste poolt ehitatud saartevahelise teetammi lagunemisega keskendus pommitamine 1960.-70. aastatel Väike-Pakri saarele. Seal pommitati veel 1992. aasta hilissuvel, kuigi selleks ajaks oli Eesti Vabariik taas iseseisvunud. Kõrbenud kadastikud, värsked tuhahunnikud, kümned ja kümned lõhkemata pommid olid militaarse tegevuse tunnistajaks.
Pakri saared jäid tavakodanikule suletuks ligikaudu pooleks sajandiks. Ka kirjanduses leidus saarte kohta vähe andmeid, need tuginesid enamasti enne sõda ilmunule. Loodusteadlased sattusid saartele väga harva ja sedagi lühikeseks ajaks. Esimesest tutvusest Väike-Pakriga 1970. aastate alguses on meelde jäänud suitsev kulu ja mitmete sõjaväeliste objektide maketid. 1990. aastate alguses äratasid saartele sattunute tähelepanu samuti laudadest, roigastest ja langevarjusiidist meisterdatud tankid, lennukid, helikopterid ja mitmed märgid, nagu lennusuuna sihtmärgid, raadiolokatsioonilised peegeldajad jm. Laskemärklaudadeks olid ka arvukad sõjalaevade vrakid Suur- ja Väike-Pakri vahelises kitsas väinas.
Militaarsete kahjustuste iseloom saartel on mitmesugune – osa neist on visuaalselt registreeritav, osa aga vajab kindlakstegemiseks laboratoorseid analüüse. Suurimaks ohuks inimeste elule ja tervisele on saartel esinevad mitmesugused plahvatusohtlikud lõhkekehad. Esmaseks ülesandeks oli saarte ning rannalähedase akvatooriumi demineerimine, millega hakati vahetult tegelema pärast saarte mahajätmist sõjaväelaste poolt.
AS “Ecoman” töötajad on registreerinud sõjaliste ehituste ja masinate paiknemise saartel. 1990. aastate alguses tehti kindlaks, et polügoon koosnes 13 objektist, millest enamus asus Suur-Pakril. Sõjaväelised objektid haarasid enam kui 50% Suur-Pakrist ja kuni 10% Väike-Pakrist. Demineerimis- ja korrastustöid on saartel teinud peale AS “Ecomani” Eesti Tuletõrje- ja Päästeamet ning AS “Snorkel”. Militaarseid kahjustusi saarte loodusele on uurinud ka Ökoloogia Instituudi ja Geoloogia Instituudi töötajad.
Mehaaniliselt kahjustatud ala saartel on ligikaudu 1000 hektarit, millest annavad tunnistust pommitamise tagajärjel tekkinud erineva suurusega lehtrid. Kõige enam on pommitamise tagajärjel kannatanud Suur-Pakri keskosa, veidi vähem Suur-Pakri ja Väike-Pakri põhjaosad. Sõltuvalt pinnakatte paksusest on pommilehtrite sügavus erinev. Loopealsetel, kus paene aluspõhi asub maapinna lähedal, on pommilehtrite sügavus enamasti alla 1 meetri, klibuvallides aga 3 meetrit ja enamgi. Seoses demineerimistöödega on lisandunud ka uusi lehtreid.
Arvukalt esineb saartel väikseid paarikümne või mõnekümne sentimeetrise läbimõõduga mürsulehtreid, mis suures osas on praeguseks kinni kasvanud. Klibuvallidel väikestes pommilehtrites hakkab sammaldest algul enamasti kasvama läikulmik (Hypnum cupressiforme). Pärastpoole leiavad seal kasvukoha loodristirohi (Senecio integrifolius), sarikjas hunditubakas (Hieracium umbellatum) jt.
Kohati on pinnast kooritud ja hunnikutesse lükatud. Rasked sõjamasinad on vajutanud 20–40 cm sügavused rööpad õhukese pinnakattega looaladele, näiteks Väike-Pakri keskosas, Suur-Pakri põhjaosas jm. Ilmselt on pinnamoe rikkumist soodustanud sõitmine kevadel ja sügisel, kui need alad kannatavad liigniiskuse all. Pinnase mehaaniliste kahjustustega on kaasnenud taimestiku häving ja vähenenud maapinnalähedase põhjavee kaitstus. Pinnareostusest annab teatud ettekujutuse raskmetallide sisaldus mulla ülemises kihis. Saartel esineb samuti lokaalset naftareostust.
Pommitamisega on kaasnenud tulekahjud. Sellele viitab polügoonide piirkonna väike võsastumisaste, põlenud ja kuivanud kadakapõõsad, pihlakad jm. Suuremad põlengud on tõenäoliselt aset leidnud Väike-Pakri lõuna- ja loodeosas ning SuurPakri põhjaosas, kus tänapäeval esineb Eesti suurim lage loopealne.
Pinnasevee põhiliseks reostusallikaks on olnud sõjaväelinnakute heitvesi. Väike-Pakril juhiti see paesängis voolavasse saartevahelisse merre suubuvasse ojja. Oja ääres asus ka sõjaväelinnaku kütuse- ja määrdeõlide hoidla. Joogi- ja olmevett võeti paesse rajatud süvendist, kuhu enne saarelt lahkumist kuhjati militaarjäätmeid.
Sõjaväelastest jäi peale hoonevaremete maha veel hulgaliselt rämpsu ja risu. Suure osa militaarsest risust moodustasid õppepommid, puidu- ja kummijäätmed. Saartelt leiti ka alumiiniumi- ja teiste metallide jäätmeid.
Võrreldes 1990. aastate algusega on praeguseks saarte ilme oluliselt muutunud. Lõhatud on tuhandeid pomme. Enamus plahvatusohtlikke esemeid paiknes Suur-Pakril. 1995. aastal õhati saartel kuu ajaga 1100 lõhkekeha, 1996. aastaks oli kahjutuks tehtud 2949 pommi. Pakritel on toimunud ka militaarse risu ladustamine ja saartelt väljavedu. Väike-Pakril toimus militaarse risu ladustamine kunagise sadama lähedal, Suur-Pakril aga äärmises kirdeosas. Osa rämpsust põletati kohapeal. Vanadesse pommilehtritesse on maetud sadu õppeotstarbelisi pomme.
Militaarkahjustuste hulka kuulub kindlasti kogu taluarhitektuuri hävitamine ning surnuaedade ja kirikute lõhkumine. Liiklemiskõlbmatuks on muutunud ka enamus teid. Saartel puuduvad sadamad. Viimati kasutatud sadam Väike-Pakri idarannas on lagunenud ega võimalda sildumist.
Oluliseks töölõiguks oli rannaäärse akvatooriumi demineerimine, mida viisid läbi Eesti Meremuuseumi töötajad koos Rootsi firmaga “Altair Rederi AB”. Põhilised tööd toimusid Suur- ja Väike-Pakri rannavees saartevahelise väina põhjapoolses osas 3,5 km2 suurusel alal. See töö nõudis suurt täpsust ja ka vaprust, kuna ei teatud täpselt milliste pommidega tegemist on. Oluliselt raskendas osades lõikudes töid tammteest lõuna pool mudane põhi ja tihe taimestik, kus halva nähtavuse tõttu otsiti merepõhjas asuvaid lõhkekehi käsikaudu. Suurem osa lahingumürske lõhati kohapeal, õppemürsud toodi enamasti randa, kust need ära koristati. Rohkelt registreeriti pomme tammteest põhja pool saartevahelises kõige kitsamas kohas laevmärklaua ümbruses. Hulgaliselt esines neid ka Suur-Pakri idarannikul Stor- ja Di-viki lahes. Maksimaalseks pommide tiheduseks oli merepõhjas 8-10 pommi 10 m2kohta, nendest 1-2 lahingupommi.
Vaatamata juba tehtud demineerimistöödele tuleb Pakri saartel liikudes või mererannas tegutsedes olla tähelepanelik, kuna aastakümnete vältel kasutusel olnud laskepolügoonide pinnas ja saari ümbritsev meri võib peita militaarsest perioodist pärineva ebameeldiva “üllatuse”.
Nagu pildilt näha, on need lõhkekehade jäänused tõesti siiamaani mööda saari laiali. See aga ei peaks küll olema põhjus, miks saari mitte uudistama tulla. Tõenäosus, et peaks juhtuma mingi õnnetus, on väga väga väike.
